O meu altar é no meu quarto e nunca tive qualquer tipo de problema. Talvez essa advertência que te referes tenha a ver como o facto de que antigamente se usavam muito os altares para fazer rituais tradicionais, incluindo de magia negra, o que não era conveniente porque fica sempre alguma energia residual (que em todo o caso deve ser limpa depois de qualquer trabalho de magia negra) e talvez seja por isso. De outra forma não vejo porque não. Muito pelo contrário, gosto muito de ver as figuras dos Deuses que tenho no meu altar, quando estou no quarto, quando acordo, quando me deito, quando faço yoga, etc.
Se houver aquela situação de queimar papeis durante um ritual é que convém arejar o quarto para não ficares a respirar monóxido de carbono. Mas de resto penso que não existe qualquer tipo de problema. Além disso, raramente se faz isso hoje em dia porque adoptou-se uma postura mais prática, na verdade só precisas da tua alma e não de qualquer tipo de altares ou rituais.
Se bem que é agradável ter um. E de vez em quando também gosto de fazer um ritual mais formal quando tenho disponibilidade. Só é importante ter boa higiene física e espiritual. Também é importante consagrar/purificar os objectos do teu altar que será dedicado aos Deuses. Existe um ritual próprio para o efeito, mas podes simplesmente usar energia azul e programar para purificar o objecto, remover energias associadas, etc.
Existem fotografias de altares no JoS, já bem antigas. Não precisas de copiar o que lá está mas dá para ter uma ideia. Normalmente utiliza-se algo que represente os Deuses, os elementos, etc. E depois podes decorar à tua maneira com elementos espirituais conforme for mais agradável para ti.